Die Sparte Geschichte des Vereins wurde im Mai 2003 ins Leben gerufen. Sie soll die originäre Zielstellungen des Vereins (Erhaltung, Förderung, Erforschung und öffentliche Bewusstmachung der Zitadelle Petersberg) erfüllen helfen. Insbesondere tritt sie für die Erforschung der Geschichte der Zitadelle und deren historischem Umfeld ein.
Der Arbeitsplan sieht die Erstellung von Broschüren, die Erarbeitung und Gestaltung von Ausstellungen sowie die Ausarbeitung von Vorträgen vor. Im Rahmen des Vereins werden diese Aufgaben realisiert. So halten Spartenmitglieder regelmäßig in Vereinsveranstaltungen Vorträge wie über Festungs- und Militärgeschichte, Maximilian von Welsch, Weinrebland Erfurt, Schwedenschanze und kurmainzische Wappen an der Zitadelle.
Die erste Publikation “Die Festung Petersberg im Überblick 1664 - 2000” (Broschüre I)konnte 2004 veröffentlicht werden und wird an verschiedenen Stellen der Stadt Erfurt (Buchhandlungen Hugendubel und Peterknecht) und in der Erfurter Touristinfo. Die Nachfrage ist rege. Dadurch wird zugleich Öffentlichkeitsarbeit für den Verein geleistet.
Eine weitere Broschüre ist 2006 erschienen “Der Petersberg und seine wichtigsten Bauten” (Broschüre II).
Im Jahr 2008 ist die Broschüre III zum Thema  “Der Petersberg vor 1664” (Broschüre III).
Im Jahr 2010 wurde zum Thema “Festungsstadt Erfurt” (Broschüre IV) hinzugefügt, mit Augenmerk auf die Schwedenschanze, um das Küchengebäude aus preußischer Zeit zu erhalten.

Eine weitere Broschüre erscheint 2013 mit dem Titel "Mobilien und Immobilien des ehemaligen Petersklosters" (Broschüre V). 

Die Broschüre VI beschäftigt sich mit der Geschichte der Zitadelle Petersberg durch einen Rundgang über die Festung.

Am 1. Juni 2015 jährt sich zum 350. mal die Grundsteinlegung der Zitadelle Petersberg. Ein wissenschaftliches Kolloquium wird durchgeführt, als bleibendes Ergebnis ist ein Tagungsband erschienen. Im Rahmen von Vortragsreihen während der BUGA 2021, stellten ausgewiesene Referenten die komplexen Themen rund um den Petersberg vor. Vortragsband.

Eine zentrale Tafelausstellung über die Zitadelle wird nach und nach aufgebaut. Die ersten drei Tafeln, die einen Überblick über die Festungsgeschichte geben, wurden 2004 fertiggestellt. Im Jahre 2008 werden drei weitere Tafeln hinzu kommen und Auskunft über wichtige Bauten auf dem Petersberg sowie über die erfolgreiche Tätigkeit der Bauhütte Petersberg der Stadt Erfurt geben.
Daneben konnte in Zusammenarbeit mit dem Stadtmuseum Erfurt und anlässlich der öffentlichen Vorstellung der wiederhergestellten Bastion Martin und des dortigen Kriegslaboratoriums in der Denkmalwoche des Jahres 2004 drei Ausstellungen dem interessierten Publikum angeboten werden. Sie beschäftigten sich mit dem Bau und der Vollendung der Zitadelle in den Jahren 1664-1704; der Geschichte Erfurts und Preußens; und der Chronik des Petersberg-Klosters, einschließlich Grabungsfunde der Bauhütte. Diese Ausstellung wurde 2006 geschlossen.
In der Denkmalwoche 2007 wird in der Peterskirche eine Ausstellung zum Thema “Sakral” über die Kirche und Kloster auf dem Petersberg unter Verwendung von Material der Spartenmitglieder erstellt.
2010 Materialsammlung über die vorhandenen Reste des Klosters, wie Gebäude, Glocken oder Bücher online.
Die Sparte Geschichte wird von 2003 bis 2007 vom Historiker Dr. Horst Moritz geleitet, ab 2008 von Bernd Könnig und besteht in ihrem Kern aus vier Mitgliedern. Weitere Vereinsmitglieder nehmen je nach Themenwahl oder anstehenden Aktivitäten an der Spartenarbeit teil.